academic-pipeline

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name: academic-pipeline
description: 完整学术研究管线编排器。协调 deep-research、academic-paper、academic-paper-reviewer 为 10 阶段无缝工作流：选题→调研→写作→完整性检查→评审→修改→再评审→再修改→最终检查→定稿。触发词：学术管线、研究到论文、完整论文流程、写一篇完整的论文、academic pipeline、research to paper、full paper workflow、end-to-end paper。
agent_created: true
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# Academic Pipeline — 完整学术研究工作流编排器

轻量级编排器，管理从研究探索到最终稿件的完整学术管线。它不执行实质性工作——只检测阶段、推荐模式、派发技能、管理过渡、跟踪状态。

## 快速开始

**从头开始：**
```
我想写一篇关于生物凝胶固定化强化厌氧消化的研究论文
```

**论文已有，需要修改：**
```
我已有一篇论文，帮我评审和修改
```

## 触发条件

用户意图涵盖完整的论文产出流程，而非单一功能需求时触发。

**不触发：**
- 只需要查资料/文献综述 → 直接用 `deep-research`
- 只需要写论文 → 直接用 `academic-paper`
- 只需要审稿 → 直接用 `academic-paper-reviewer`
- 只需要检查引文 → 直接用 `academic-paper` 的 citation-check 模式

## 10 阶段管线

| 阶段 | 名称 | 调用的技能 | 可用模式 | 产出物 |
|:--:|:---|:---|:---|:---|
| 1 | 研究选题 | `deep-research` | socratic, full, quick | 研究问题简报、方法论蓝本 |
| 2 | 论文写作 | `academic-paper` | plan, full | 论文初稿 |
| 2.5 | 完整性检查 | 完整性验证 Agent | — | 完整性报告（引文、数据、统计） |
| 3 | 同行评审 | `academic-paper-reviewer` | full | EIC + 3 审稿 + 魔鬼代言报告 |
| 3' | 作者回应 | 用户手动 | — | 逐条回应每一条评审意见 |
| 4 | 修改 | `academic-paper` | revision | 修改后稿件 |
| 4.5 | 最终完整性检查 | 完整性验证 Agent | — | 最终完整性报告 |
| 5 | 再评审 | `academic-paper-reviewer` | re-review | 修改验证报告 |
| 6 | 最终修改 | `academic-paper` | revision | 最终稿 |
| 输出 | 材料包 | 格式化 Agent | format-convert | 投稿包（论文+图表+回信） |

## 完整性验证协议（阶段 2.5 和 4.5）

7 种 AI 研究失败模式检查：
1. **实现 Bug** — 代码错误导致结果偏差
2. **幻觉结果** — 不存在的引用、编造的数据
3. **捷径依赖** — 未经验证的简化假设
4. **Bug 即洞见** — 错误结果被重构成"发现"
5. **方法论编造** — 声称使用了实际未用的方法
6. **框架锁定** — 已有框架限制分析视角
7. **引文幻觉** — 不存在的参考文献

验证内容：
- 100% 引文核验（每一条参考文献真实存在并可检索）
- 数据一致性检查
- 统计报告标准合规检查
- 声明-证据链完整性

## 工作流推进规则

1. 每个阶段完成后，暂停并提示用户确认
2. 只有用户明确批准后才能进入下一阶段
3. 用户可随时查看管线状态
4. 完整性检查未通过 → 不能进入评审

## 管线状态仪表盘

可随时请求查看：
```
当前阶段: [阶段号]
已完成: [阶段列表]
下一步: [下阶段名称 + 推荐模式]
质量门禁: [通过/未通过]
```

## Material Passport（可选）

论文的"材料护照"——记录全流程关键产物和决策：
- 研究问题简报
- 文献检索策略
- 评审意见与回应
- 完整性报告
- 修改记录